好気性（４０％）及び嫌気性（６０％）を主軸とし、６０種余りの微生物 群からなり、主なものに放線菌・窒素分解固定菌・光合成菌・その他など、作物生育や、土壌改良、残渣分解に必要な有効善玉菌のみをバランス良く配合した、複合菌体であり、分解効果が非常に高い、人畜無害・無悪臭の、 「生きている」液体有機肥料の土壌改良剤です。

　トーマス菌は、有機物や残渣等の分解力に加え、土中害菌の分解にも優れ、特に深層部に潜伏の紋羽菌（果樹類の癌）にも、独特の嫌気性菌の働きで効果が発揮されております。また、有機物や土中残渣の分解はもちろんですが、作物がしっかりと根を張れる環境「団粒構造」を形成したり、バランス良く生育できるために各種の微量要素等（栄養素）を生成したり、根元では有害代謝産物を分解して作物がいつでも健康でいられる様に、そして「根との共生」をしながら作物が健全に生育できるよう活動しているのです。

　トーマス菌は、微生物の働きがハッキリ出ます。
　有機物や残渣類を分解するのに3〜4週間、腐植が進み肥料効果として十分に発揮し始まるのが2〜3ヶ月頃より、従って定植前2〜3ヶ月に施工した方が初期生育から順調に育ってくれます。（但し、有機物配合の炭素率の割合や、未分解物等がどの程度土中にあるか、また種類などにより左右されます）
　まず、堆肥等の有機物を使用するには、偏らずバランス良く配合する事です。これは、良い有機土壌を形成し作物を健全に育てるために大変重要な事なのです。そこで、炭素率を整えてと、良く耳にする言葉がありますが、人間で言う栄養バランスと理解して下さい。
炭素率（Ｃ／Ｎ比）とは、有機物中の炭素（C）量を窒素（Ｎ）量で除したものです。
　微生物は、エサの中の炭素のかなりの部分をエネルギー源として使い、残りは細胞の構成材料に使います。もちろん窒素も使いますが、炭素１００に対し１５程でわずかです、窒素の多いエサ（アミノ酸や核酸）の時には窒素が余りものとして微生物細胞の外に出されます、これが「窒素の無機化」です。