土づくりをしっかり行った微生物豊富な土壌では、土に張る植物の根から、無数の毛細根が発達し、よりいっそう微生物の餌と棲み処が増し、作物が健全に生育できる様になります。
　植物の根は、炭水化物、アミノ酸、有機酸などを分泌しており植物の根の周囲に棲む微生物は、それらを求めて集り、互いに助け合う事により、微生物の方もアミノ酸や核酸の塩基類を始め多種類のビタミン類を分泌し、作物の根へ供給しているのです。このように植物の根と微生物は共存共栄しているのです。
　それが土づくりを怠り化学肥料の多用は、もともと火山性の酸性土壌だった日本の田畑を更に酸性化させているのです。ほとんどの作物は、pHは、5.0〜6.5範囲内の弱酸性から中性が生育しやすいと言われています。
　土が極度に酸性化すると、作物は育ちにくくなり、さらに作物の成長に必要な必須元素の殆んどが金属であるため溶け易くなり流亡してしまいます。その結果、毛細根の発達を阻害し微生物もその棲み処も貧弱になり、乾燥や病害虫等にも弱く、立ち枯れ青枯れなども併発しやすくなり、殺虫剤、殺菌剤、化学肥料等を多用しなくてはならなくなり、病害虫の天敵までも殺してしまい、より一層病害虫が猛威を振るう事になってしまうという悪循環を繰り返さえします。

　化成肥料には、作物に必要な三大要素をバランスよく配合した複合肥料、その複合肥料にキレート鉄などを入れたプラスα複合肥料、窒素、リン、カリウムなど単品の物等、化成肥料にも様々な種類・配合割合があり即効性がありますが、水に溶けやすいので栄養素が流出しやすく、よく土壌の状態を調べた上で、必要な分だけ施用するのは良いが、多用すると濃度障害「窒素過多」、毛細根の発育不良をおこし、徒長した弱い作物になり、病害虫を誘発する原因ともなります。
　化学肥料を多用すると、土壌が痩せて作物の毛細根が発達しなくなり有用微生物が棲み処を奪われ数が減少し、有用微生物が餌としている有機物（未分解物や残渣類）が余り、それを餌として病原菌の数が増え、生態系のバランスが阻害され病原菌及び害虫の数が増え、害虫などが付けた傷口等から作物体内に侵入し、爆発的に増殖し病害症状が出てきた時には、手遅れで枯死してしまうこともあります。
　有機肥料には、一般的に牛・豚・鶏の糞等を発酵させた堆肥と呼ばれるもの、米ぬか、油粕等がありますが、その堆肥の中にも中熟堆肥、完熟堆肥、完熟堆肥を乾燥させた乾燥堆肥などがありますが、ほとんどの物は、微生物が分解して、各種の栄養素を作り出し、バランス良く作物に吸収される働きをします。即ち即効性はありませんが、微生物によって分解され、作物に必要な分だけ供給されるので濃度障害や生育障害などはおこりにくくなります。
　有用微生物によって分解した上質の完熟堆肥（分子構造化）は、臭いもなく土壌に必要な有用微生物も豊富に含まれていますので、作物は健全にバランス良く生育する様になるのです。
　有用微生物・病原菌は、共に有機物を餌としていますが病原菌よりも有用微生物の方が有機物を急速に利用するため、餌のない病原菌は繁殖できなくなり、休眠状態になり悪さをしなくなります。したがって、土壌中には有用微生物が多い方が良い訳です。
　有用微生物の中には、キチナーゼやラミナリナーゼを生産するものがおり、（セルロース、キチンなどを分解する、菌体外酵素等）昆虫の外殻はキチンで出来ており、キチナーゼはキチンを分解します。その影響であるかは研究段階ですが、昆虫はキチナーゼに対して忌避効果があり、その結果キチナーゼを生産する有用微生物の数が減少する事により害虫の数が増える事が言えます。この菌体外酵素は、病原菌の細胞壁も溶かす効果が有り、溶菌して病原菌が減少する効果は実証されています。

　微生物にも様々な種類があります。微生物の種類はおよそ細菌1,600、菌類（カビ）45,000、原生動物 44,000と言われています。
作物の健全生育にとって一番良い土壌環境は、細菌類内でも放線菌・窒素分解固定菌・ 光合成菌等の数が多く、雑菌類が少ないほど良いのです。
　土づくりをしっかり行った残渣物の少ない優良な土壌は、細菌類100に対して、善玉菌種 （放線菌系40〜50くらい、窒素分解固定菌系15〜20くらい、光合成菌系等10〜15くらい）が90％くらいで、雑菌類（カビの一種）10くらいであるのに対し、病害の発生が多い土壌では、雑菌類が多くなり順序が逆になっているのです。
　この事から細菌類の種類と数が、豊富な土壌に変えてやることが重要な事が伺えます。

　森林などでは、どうして肥料を与えていないのに樹木等は、健全に育 っているのでしょうか。それは、動食物の死骸、落ち葉、枯れ枝等を微生物が分解し、その養分を植物に供給しているからです。 即ち、微生物が森林を育てていると、言えるのではないのでしょうか。
　微生物は、顕微鏡を使わなければ見えないぐらい小さい生き物（トーマス菌郡は1ｇ中20億個くらい）ですが、この小さな生き物が有機物を酵素によって消化、分解し植物が養分を吸収し易くして互いに助け合っているのです。（動植物の共存共栄）根に歯を持たない作物が栄養分を体内に取り入れる事ができるのも、土壌微生物が土壌中の有機物を酵素によって消化分解（低分子構造化に）してくれるからであります。
　だからといって、なにもしなければ微生物は増えません。そして大きな仕事をしてくれません。 微生物に食べ物と住みやすい環境（繁殖し易い）を与えてやらなければ、微生物は繁殖出来ません。微生物は昼夜を問わず活動しておりますから、最大限に効果を出せる様にする事なのです。すなわち、微生物の餌となる有機物をバランス良く配合【炭素率を整え】し、団粒構 造の土壌づくりをする事により、土壌微生物は有効に働き、良い作物を作り出してくれるのです。

　作物の成長は空気中の炭酸ガス、窒素ガスと太陽からのエクエネルギーによる光合成の働きでイオン化された成長要素（窒素、リン酸、カリ）や、ビタミンや腐植酸等を、根に供給し、根より分泌される糖分、アミノ酸、ビタミン等の栄養分の一部が、微生物の餌となり、再びアミノ酸、低分子量核酸、有機物、ビタミンやホルモン類等の成長因子を造り、根に供給しております。（生理活性物質と称します｡）
　また、酸素圧の調整や炭酸ガス濃度の増加等の影響を根に与える働きなどもしています。 従って、減農薬や、施肥の節減にもつながります。